Но в Москве начали ходить самые тревожные слухи. После царя Ивана остался младший сын Димитрий, которому отец, по старинному обычаю московских государей, дал маленький удел, город Углич с уездом. В самом начале царствования Федора, для предупреждения придворных интриг и волнений, этот царевич со своими родственниками по матери Нагими был удален из Москвы. В Москве рассказывали, что этот семилетний Димитрий, сын пятой венчанной жены царя Ивана (не считая невенчанных), следовательно, царевич сомнительной законности с канонической точки зрения, выйдет весь в батюшку времен опричнины, и что этому царевичу грозит большая опасность со стороны тех близких к престолу людей, которые сами метят на престол в очень вероятном случае бездетной смерти царя Федора. И вот, как бы в оправдание этих толков, в 1591 г. по Москве разнеслась весть, что удельный князь Димитрий среди бела дня зарезан в Угличе, и что убийцы были тут же перебиты поднявшимися горожанами, так что не с кого стало снять показаний при следствии.
П. Свиньин. Терем царевича Димитрия в Угличе
Следственная комиссия, посланная в Углич во главе с князем В. И. Шуйским, тайным врагом и соперником Годунова, вела дело бестолково или недобросовестно, тщательно расспрашивала о побочных мелочах и позабыла разведать важнейшие обстоятельства, не выяснила противоречий в показаниях, вообще страшно запутала дело. Она постаралась, прежде всего, уверить себя и других, что царевич не зарезан, а зарезался сам в припадке падучей болезни, попавши на нож, которым играл с детьми. Поэтому угличане были строго наказаны за самовольную расправу с мнимыми убийцами. Получив такое донесение комиссии, патриарх Иов, приятель Годунова, при его содействии и возведенный два года назад в патриарший сан, объявил соборне, что смерть царевича приключилась судом Божиим. Тем дело пока и кончилось.