Главное его внимание обращено было на устройство внутреннего порядка в государстве, «исправление всех нужных царству вещей», по выражению келаря А. Палицына, и в первые два года царствования, замечает келарь, «Россия цвела всеми благами». Царь крепко заботился о бедных и нищих, расточал им милости, но жестоко преследовал злых людей и такими мерами приобрел огромную популярность, «всем любезен бысть». В устроении внутреннего государственного порядка он даже обнаруживал необычную отвагу. Борис готов был на меру, имевшую упрочить свободу и благосостояние крестьян: он, по-видимому, готовил указ, который бы точно определил повинности и оброки крестьян в пользу землевладельцев. Это – закон, на который не решалось русское правительство до самого освобождения крепостных крестьян.

Толки и слухи про Бориса. Так начал царствовать Борис. Однако, несмотря на многолетнюю правительственную опытность, милости, какие он щедро расточал по воцарении всем классам, правительственные способности, которым в нем удивлялись, популярность его была непрочна. Борис принадлежал к числу тех злосчастных людей, которые и привлекали к себе, и отталкивали от себя, – привлекали видимыми качествами ума и таланта, отталкивали незримыми, но чуемыми недостатками сердца и совести. Он умел вызывать удивление и признательность, но никому не внушал доверия; его всегда подозревали в двуличии и коварстве и считали на все способным. Несомненно, страшная школа Грозного, которую прошел Годунов, положила на него неизгладимый печальный отпечаток.