С 1851 года начинается ряд путешествий Бэра в разные места России, предпринятых с практическими целями и вовлекших Бэра, кроме географических и этнографических исследований, в область прикладной зоологии. Бэр жаловался, что чувствует себя в России мало полезным, поэтому он с охотою взялся за исследования о состоянии русского рыболовства, по идее министра государственных имуществ Киселева. Первая экскурсия состоялась в апреле 1851 года на Чудское озеро и берега Балтийского моря; затем Бэр совершил еще пять поездок в эти же местности в течение 1851 и 1852 годов. Эти-то частые путешествия и заставили его покинуть должность профессора Медико-хирургической академии, несовместимую с такими частыми отлучками. Результаты этих экскурсий вместе с мотивированным проектом упорядочения рыболовства на Чудском озере изложены на русском языке в первом томе «Исследований о состоянии рыболовства в России», изданных министерством государственных имуществ.

В конце 1852 года Дерптский университет праздновал пятидесятилетие своего существования, и Бэр был послан в Дерпт на это торжество в качестве депутата Академии наук. Хотя воспоминания его о Дерпте и были не особенно приятны, но он считал все-таки тамошний университет своей aima mater, единственным светочем своей любимой родины – Эстляндии. Он произнес прочувствованную приветственную речь, а университет отблагодарил своего знаменитого питомца избранием его в свои почетные члены.

С 1853 года начались поездки Бэра на Волгу и Каспийское море, опять-таки для изучения рыболовства. Давно уже раздавались жалобы на плохое состояние рыболовства в бассейне Каспийского моря, на беспорядочное, хищническое ведение этого промысла, столь важного для государственной экономики России. Надлежало исследовать на месте способы рыбной ловли, а также решить различные теоретические вопросы, имеющие отношение к рыбному промыслу. Министр государственных имуществ Киселев решил снарядить экспедицию, которая в течение трех лет должна была изучить эти вопросы. Во главе экспедиции был поставлен Бэр; другими членами ее были Александр Шульц и Николай Яковлевич Данилевский. Шульцу была поручена техническая часть, Данилевскому – статистическая, а Бэру – естественноисторическая.

14 июня 1853 года Бэр выехал в Москву, а оттуда направился в Нижний Новгород, где встретился с Шульцем, выехавшим из Петербурга ранее, чтобы наблюдать нерест рыб на озере Селигер. Частью водою, частью по берегу путешественники направились вдоль Волги к Каспийскому морю; в Самаре к ним присоединился Данилевский. 12 августа экспедиция прибыла в Астрахань, где и остановилась на квартире у купца Сапожникова. Отсюда члены экспедиции сделали многочисленные экскурсии на рыбные ватаги, а также ездили на полуостров Мангышлак, где прожили в укреплении Новопетровск около четырех недель. Зимою Бэр ездил на два месяца в Петербург, но в марте 1854 года он был уже опять на Волге, наблюдал в Сарепте лов некоторых рыб, ездил в Камышин для изучения образования берегов Волги и посетил также калмыцкого князька Тюмена, чтобы посмотреть храм и богослужение калмыков. В августе он был снова в Астрахани, и экспедиция еще раз направилась в Новопетровск. Здесь Бэр занимался драгированием (ловлею животных морского дна), затем посетил прилежащие острова и устье Урала. По возвращении в Астрахань он направился к западным берегам Каспийского моря, посетил важный рыболовный пункт Черный Рынок при устье Терека и побывал на соляных озерах Астраханской губернии. Зимою он опять ездил в Петербург, а весною 1855 года вновь отправился к Каспийскому морю, с намерением посетить на этот раз его южные берега. На почтовом пароходе проехал он до устья Куры и здесь поднялся в лодке вверх по реке до ватаги «Божий промысел», где производится, в особенности, лов осетров. После исследования Куры экспедиция посетила Ленкорань, откуда сделала несколько экскурсий, во время которых Бэр восхищался роскошною растительностью этих стран. Затем еще раз был посещен «Божий промысел», осмотрены окрестности Баку с их нефтяными источниками, после чего Бэр проехал через Шемаху вверх по Куре до озера Гокчайского, богатого рыбой. После трехнедельного пребывания около этого озера и экскурсий в его окрестностях путешественники направились в Тифлис, куда и прибыли в середине октября. В конце декабря Бэр двинулся наконец обратно в Астрахань, причем на пути ему пришлось много натерпеться от холода и разных дорожных приключений; больше месяца пришлось ему ехать до Астрахани, куда он прибыл весьма утомленный и вскоре захворал изнурительной лихорадкой, от которой излечился лишь сильными приемами хинина.

Весною, оправившись от болезни, Бэр совершил поездку для исследования долины Маныча; летом он сопровождал астраханского военного губернатора Васильева в его путешествии по Каспийскому морю; осенью съездил еще раз на Черный Рынок с Ф. В. Овсянниковым, который был командирован в Астрахань для исследований рыбного яда. Наконец, весною 1857 года он возвратился в Петербург, предоставив продолжать исследования по рыболовству Данилевскому и Шульцу; сам он чувствовал себя уже слишком старым для долгих и утомительных странствований на юге и востоке России! Он совершил и после этого несколько путешествий по России, но не столь продолжительных; так, в 1860 году он ездил на Чудское озеро, в 1862 году – на Азовское море (для изучения причин его предполагаемого обмеления), – но все эти поездки были сравнительно кратковременны.

Со времени своего возвращения из большого путешествия по бассейну Каспийского моря Бэр отдался преимущественно антропологии. Он привел в порядок и обогатил коллекцию человеческих черепов в анатомическом музее академии, постепенно превращая его в антропологический музей. В 1858 году он ездил летом в Германию, принял участие в съезде естествоиспытателей и врачей в Карлсруэ и занимался краниологическими исследованиями в базельском музее.

Продолжая работы по краниологии в Петербурге, он пришел к мысли, что следовало бы ввести один общий метод измерения черепов для всех антропологов, чтобы облегчить ориентировку в краниологическом материале. Чтобы осуществить этот замысел, Бэр предпринял в 1861 году новую поездку за границу, с целью посетить разных ученых и, если окажется возможным, собрать антропологический конгресс для обмена мнений. Конгресс действительно состоялся в начале ноября в Геттингене и, хоть и не привел к такому полному соглашению, какого желал Бэр, – но имел все-таки важные научные результаты.

Кроме антропологии, Бэр не переставал, однако, интересоваться и другими отраслями естествознания, стараясь содействовать их развитию и распространению в России.

Так, он принимал деятельное участие в создании и организации одного из полезнейших наших ученых обществ – Русского энтомологического общества. Он был его первым президентом и в одном из первых заседаний общества (10 мая 1860 года) произнес замечательную речь «О наиболее верном взгляде на живую природу и о применении этого взгляда к энтомологии».

О частной жизни Бэра в течение его долгого пребывания в Петербурге мы имеем весьма мало сведений. В своей автобиографии он заканчивает свои личные воспоминания 1834-м годом; в других источниках также нет никаких сколько-нибудь подробных данных в этом отношении. Появление бэровской автобиографии разочаровало за границею многих. Ожидали появления мемуаров, интересных не только в биографическом, но и бытовом, и в политическом отношениях, так как Бэр встречался и имел деловые контакты со многими лицами высшего общества и мог бы многое сообщить о разных сторонах русской жизни. Но он намеренно воздержался от этого, собрав лишь материал для суждения о его собственной деятельности. И в настоящее время нелегко и, может быть, не совсем уместно собирать и публиковать сведения о личных впечатлениях, вынесенных Бэром из жизни в академической среде и вообще в Петербурге. Одно можно утверждать с положительностью: хотя Бэр и пользовался общим уважением и не имел недостатка в дружеском обществе, но жизнь в Петербурге была ему вообще не особенно по душе. Поэтому он и искал возможности оставить Петербург и уехать куда-нибудь доживать на покое остаток своей жизни, отдаваясь исключительно своим научным склонностям, без всяких официальных обязанностей. В 1862 году он вышел в отставку, при этом был избран почетным членом академии и причислен к министерству народного просвещения. Первое время, однако, он остался еще в Петербурге, колеблясь, какой город избрать для своего местопребывания – Дерпт ли, с которым у него были связаны воспоминания юности, или же один из городов Германии – например, Лейпциг с его знаменитым университетом и широко развитою книжною торговлею. В 1864 году предстоял 50-летний юбилей ученой деятельности Бэра, считая ее со дня защиты им докторской диссертации. В Дерптском университете и в Академии наук делались приготовления к достойному празднованию этого события; эстляндское дворянство постановило издать его биографию и обратилось к нему с просьбою доставить свои воспоминания. Бэр пересмотрел свои записки, посетил колыбель своего детства – Лассилу и Пип – и в течение месяца написал свою обширную автобиографию, составляющую солидный том в 519 страниц. Автобиография эта читается чрезвычайно легко и с большим интересом; особенно подробно описывает Бэр свое детство и лучшую пору своей жизни и деятельности – кёнигсбергский период.

18 августа 1864 года в С.-Петербургской академии наук состоялось торжественное празднование бэровского юбилея. Явилась масса депутаций, писем, телеграмм; затем последовал торжественный обед с бесчисленными тостами на русском, латинском и немецком языках. Особенно выдающеюся была речь академика Мидцендорфа. Бэр, со своей стороны, отвечал прекрасною речью, полною ума, бодрости и добродушного юмора. Государь Император пожаловал юбиляру пожизненную ежегодную пенсию в 3 тысячи рублей, а при Академии наук была учреждена Бэровская премия за выдающиеся исследования по естественным наукам.

После юбилея Бэр считал свою петербургскую карьеру окончательно завершенною и принял решение перебраться в Дерпт, так как, уехав за границу, он был бы слишком удален от своих детей. Семья Бэра к этому времени сильно сократилась: единственная дочь его Мария вышла замуж в 1850 году за доктора фон Лингена, а из шести его сыновей осталось в живых лишь трое; жена Бэра умерла весною 1864 года. Разные хлопоты с петербургскими делами, приведение в порядок и отправка богатой библиотеки и коллекций Бэра затянула переезд его в Дерпт более чем на два года, так что только в начале лета 1867 года он переселился наконец в родной университетский город.

Престарелый ученый продолжал и здесь, на покое, интересоваться наукою. Он готовил к печати разные свои неопубликованные работы и по возможности следил за успехами знания. ум его был все так же ясен и деятелен, но физические силы стали все более и более изменять ему. В особенности ослабли его глаза, столь зоркие и выносливые в молодости. Правым глазом он почти ничего не видел уже по прибытии в Дерпт; левый глаз также видел плохо, так что Бэр должен был пользоваться услугами чтеца и писца под диктовку. Особенно тягостны были полуслепому старику долгие зимние месяцы, когда так мало света, и без того уже все более ускользавшего от его глаз. Ноябрь был ему всего более ненавистен; по свидетельству одного из его биографов, Бэр писал однажды своей дочери, не теряя добродушного юмора и в этом тяжелом положении, что ноябрь совершенно бесполезен и его следовало бы уничтожить. Зато весна чрезвычайно его радовала; особенно любил старик цветы, за которыми тщательно ухаживал в садике, примыкавшем к его дому.